这场选举被称为印尼史上最分裂的选举。《雅加达邮报》总编辑巴隆尼说，宗教宽容已不復存在，这场选举更让此一现象变本加厉，「这是印尼所见最骯脏、最两极化与最分裂的选战」。
美国《纽约时报》披露，东雅加达一座清真寺的入口处悬掛一幅布条：严禁投票给非穆斯林担任首长。战略与国际研究中心研究员托比亚斯也说，一名生前投票给钟万学的老妇，被拒绝施行穆斯林丧礼，「伊斯兰团体传达非常露骨的宗教讯息，並要人们当眾发誓，不投票给非穆斯林候选人」。
反华情绪影响选情
50岁的钟万学在佐科2014年当选总统后，递补成为雅加达首长，敢说敢衝的作风贏得许多民眾支持。去年9月，他引用可兰经警告穆斯林不得与基督徒、犹太人为友的经文，表示由于印尼已转型为民主国家，因此穆斯林投票给基督徒应可被接受。
这番言论激怒强硬派伊斯兰团体，指控他褻瀆，並发动一连串示威，包括去年11月一场演变成暴力衝突的大规模抗议。相关团体要求当局起诉钟万学，甚至將他处死，警方也在压力下控告他褻瀆《可兰经》。
在示威浪潮发生前，钟万学的支持度达52%，但在2月15日的首轮投票中，他的得票率为43%，穆斯林团体支持的阿尼斯为40%，两人皆未过半，进入第2回合继续廝杀。
除了宗教分歧，雅加达瀰漫一股反华情绪，也影响著这次的选举。一直有网上谣言指，「有1000万中国工人涌入印尼」；事实上，谣言夸大了中国劳工的数目。按印尼劳工部统计的最新数字显示，在2016年持工作准证的中国人，仅有约2万1000人，在两年內增加30%。谣言于去年年底疯传，当时佐科已作澄清。
假消息在选战期间再一次散播开，劳工组织反而引用错误数据，指中国企业滥用了旅客的免签证途径入境，將低技术中国工人带到当地，与当地人「抢饭碗」。在这次选举中，约有4%至8%的游离选民，相信劳工及经济问题会左右他们的投票意向。
