武汉肺炎疫情期间，境外电商销售两样情，3、4月外送、游戏、影音类明显成长，但订房、叫车类营收衰退，甚至腰斩，使整体税收微减；另外，部分小型业者在综合考量各项成本后，选择注销税籍，退出台湾。

2017年5月起，台湾实施境外电商课税新制，在台无固定营业场所的境外电商，只要年销售额在新台币48万元以上，就要办理税籍登记，并报缴营业税、营所税，且要求从今年元旦起，配合开立云端发票给消费者。

台北国税局表示，从课税新制上路以来，随办理税籍登记的业者越来越多、线上商机蓬勃，每期（2个月）申报的营业税额快速上升；不过，受武汉肺炎（2019冠状病毒疾病， COVID-19）疫情影响，近期境外电商家数及税额都微幅向下修正。

台北国税局指出，3、4月期境外电商申报营业税额约7.91亿元，比前一期略为缩减，退回到2019年10月左右的水准，主因在疫情影响下，各类业者表现有增有减，呈现两样情。

随民众减少出门、旅游，待在家时间变长，对线上游戏、外送订餐、线上影音、资安服务需求增加，这些类型业者销售额明显成长，但订房平台业者则营收腰斩，叫车服务业者营收也下滑，使整体境外电商营业税规模小幅缩减。

另一方面，相较2月中旬，在台湾已登记税籍并营业中的境外电商有112家，如今减少到105家。台北国税局表示，有部分业者近期注销在台税籍，一方面是因疫情冲击，另一方面是因今年起跨境电商要开发票，须投入一定的系统建置成本，综合考量下，认为“无利可图”而选择退出。

台北国税局统计，目前105家营业中的境外电商，有78家已合规开立发票，其余27家中有2家正在申请，25家仍在辅导中，日前已根据营业税法开罚，因“核定应使用统一发票而不使用，每间开罚3000元，之后还可加重罚锾、连续处罚。

台北国税局表示，若境外电商业者后续仍不配合开发票，可能展开第2波裁处，改依据罚锾金额更高的税捐稽征法条文开罚，视为“未依规定给予凭证”，就没开发票部分的销售额处以5%罚锾，最高上限100万元。