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房地合一税制自2016年1月1日实施以来，不少纳税义务人对新、旧制规定课税易混淆，财政部公布修正处罚标准，房地合一新制施行后，应该申报而未申报，若是“首次”申报错误，罚锾拟减半，此案预告期60天，经行政院核定后实施，新罚则最快预计7月上路。
财政部指出，房地合一新制法定申报期限较短，许多纳税义务人因一时疏忽，或不熟悉相关规定，导致未依限办理申报，遭稽征机关查获处罚的情形。根据所得税法108条规定，民众买卖房屋未依限办理结算申报，将处罚3000元至3万元罚锾。
财政部修正《税务违章案件减免处罚标准》第3条之2，草案指出，未经他人检举及未经稽征机关或财政部指定调查人员进行调查前，就已自动补报其漏税情形，并已补缴所漏税款及加计利息者，免予处罚。
其次，个人交易因继承取得的房屋、土地，于2015年12月31日前取得、2016年以后继承，且符合所得税法第4条之5第1项第1款的自住房屋、土地规定，于交易日隔年综合所得税结算申报期限前已自动补报，其有应纳税额并已补缴及加计利息者，也免予处罚。
另外，2016年1月1日房地合一上路后，“首次”因申报错误遭裁罚者，则应处罚锾减轻1/2。
财政部官员表示，草案预告期为60天，经行政院核可后实施，最快7月上路，若期间产生申报错误案件，会尽量让民众适用新法，未来新法上路后，适用罚锾减半，也就是说，罚则最低可以降低至1500元。
